三年前、シンラ大戦と呼ばれる戦争があった。 草木が生えないとさえ言われていた大地にも緑が茂るようになり、人々は、生きる為に力を出し合い、国を復興させる為に頑張っていた・・・ しかし、シンラの後に続こうとする愚かな者たちがいた・・・・ その者たちの国の名は【ソーマ】、以前はシンラの技術には及ばないまでも、かなりの力を持った国と名を馳せていた国だ。 シンラ崩壊後、その地を極秘裏に調査していた研究員たちの手により、聖霊機関がこの地で再び息を吹き返す。 この【機甲羽根】を越える力を持った【輝羽】が軍の技術に加われば、実験体を真のガルーダにすることが出来る！ 「・・我々は聖霊機関を超える真の聖霊機関を復活させたのだ・・」 「シンラは滅んだ！次はソーマがこの地を支配する。」 「我が国に歯向かう者の末路は！死！だ！我が国に敵なし！」